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二、?對片段進(jìn)行注釋
1.給編碼序列命名：
點擊其中一個箭頭，按Feature→Add?Translated?Feature，彈出以下窗口：
Feature：給該片段命名。
Type：選擇該片段的類型，右側(cè)箭頭代表閱讀方向。
Color：選擇顏色。
2.?給非編碼序列命名：如多克隆位點。先找到質(zhì)粒圖譜中的多克隆位點的第一個酶切位點和最后一個酶切位點。點擊左側(cè)sequence，找到兩個酶切位點之間的序列。
3.?給質(zhì)粒圖譜增加引物序列：按Edit→Find，輸入引物序列，找到質(zhì)粒序列對應(yīng)位置，點擊Primers→Addprimer，彈出該界面：
按上下游引物選擇TopStrand還是BottomStrand，在Primer處可給該引物命名，隨后即可顯示該引物在圖譜Map中的位置。
三、?創(chuàng)建新DNA文件?
1.?打開SnapGene，點擊New?DNA?File，彈出以下窗口：
在Create?the?following?sequence窗口下輸入DNA序列，并對該文件命名，點擊OK?；蚴屈c擊Import?from?Genebank，輸入NCBI中某序列的access?number，點擊OK。
2．此時彈出如下窗口：
3.對該序列進(jìn)行注釋：點擊Features→Add?Feature，對該序列進(jìn)行命名注釋。
△創(chuàng)建質(zhì)粒圖譜文件方法相同。
四、處理序列翻譯信息
1.創(chuàng)建一個DNA序列文件，點擊
2.顯示如下箭頭：
黃色箭頭代表的是上面一條鏈編碼序列，綠色箭頭代表的是下面一條鏈編碼序列。
3.點擊Sequence，點擊
右側(cè)箭頭，選擇All?6?Frames，可得到編碼序列的所有情況，其中代表的是終止密碼子。
4.添加內(nèi)含子：根據(jù)內(nèi)含子的位置，點擊Edit→Select?Range，輸入內(nèi)含子堿基位置。點擊Features→Delete?Feature?Segment，得到如下圖：
紫色粗帶為外顯子，虛線為內(nèi)含子部分。
五、引物、PCR和突變繪制
1.PCR引物繪制：在多克隆位點處找到合適的兩個酶切位點。如BamHI和XbaI，在目的基因兩側(cè)截取15-30bp序列，點擊Primers→Addprimers，選擇top?strand或bottom?strand，如圖：
給該引物命名，然后點擊Insertion，在該引物上添加之前選擇好的酶切位點序列，如圖選擇了BamHI，點解Insert：
然后在該序列5端上添加數(shù)個堿基作為保護(hù)堿基。點擊完成。
△下游引物設(shè)計相同，不再贅述。
2.突變引物繪制：在目的基因上截取一小段包含要突變位點的序列，點擊Primers→Add?primers，為該引物命名，在5’序列突變位點的三個堿基畫黑，如圖：
點擊Insertions，選擇突變成的氨基酸，點擊Insert。即可獲得該突變引物，點擊Reverse?Complement，可獲得反向引物。
六、模擬標(biāo)準(zhǔn)限制性克隆
1.打開被插入片段的質(zhì)粒圖譜，選擇合適的兩個酶切位點，如HindIII和ApaI，如圖：
點擊Actions→Insert?Fragment，點擊HindIII+鍵盤Shift鍵+Apa，點擊Insert，在source?of?fragment處選擇插入的目的片段來源。點擊上述同樣的酶，給該重組質(zhì)粒命名，點擊clone。
七、?模擬融合克隆
1.?打開一個需要插入片段質(zhì)粒圖譜，點擊Actions→Insert?One?Fragments，彈出以下窗口：
2.?點擊sequence，找到想要發(fā)生替換的位點。
3.?點擊Fragment，在Source?of?Fragment處選擇替換片段的另外一個質(zhì)粒圖譜。此時彈出另外一個質(zhì)粒圖譜圖樣。
4.?點擊用于替換的片段，觀察該片段閱讀方向與被替換質(zhì)粒位點的方向是否一致，如不一致，點擊更換方向。
5.?選擇后，點擊Product，點擊Choose?Overlapping?PCR?Primers，此時即形成融合后的質(zhì)粒圖譜。
6.若想獲得引物的序列，點擊Primers→Export?Selected?Primers，選擇保存。
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